Vanaf donderdag 9 juni wordt bij Fox het tweede seizoen uitgezonden van Wayward Pines. Dit tweede seizoen telt tien afleveringen.
In het tweede seizoen zitten we in het jaar 4032 en zien we hoe Dr. Theo Yedlin (Jason Patric) ontwaakt in Wayward Pines waar nu de militairen de leiding hebben genomen. Hij heeft geen idee waar hij is en wanneer hij leeft. Dan ontmoet hij Jason Higgins (Tom Stevens), die de leiding heeft en wordt hij ook nog herenigd met Rebecca (Nimrat Kaur), zijn vrouw die drie jaar eerder is ontwaakt en al aan het leven in Wayward Pines gewend: Er zijn namelijk twee groepen in de stad, de officiële leiders met Jason aan het hoofd en een groep ondergrondse rebellen die worden geleid door Ben Burke (Charlie Tahan), de zoon van Ethan en Theresa.
Het tweede seizoen van Wayward Pines is vanaf 9 juni elke donderdag om 23:00 te zien bij Fox.